股权收购是企业所得税制度中最晦涩难懂的部分，笔者尝试用通俗写法以帮助理解。
股权收购是企业日常经营活动以外发生的经济结构重大改变的交易，它属于资本的扩张，收购方（买方）同被收购企业（标的）的股东（卖方）打交道，达到对被收购企业控制（至少卖50%股权）。股权收购的操作模式有两种，一种是收购方用自己的股份作为对价，也叫定向增发；另一种是收购方以控股企业的股权作为支付对价，也叫换股。
从会计上分析， 股权收购实质上就是收购企业（买方）对被收购企业进行长期股权投资，但是投资方（收购企业）支付的对价不是给被投资企业，而是给被投资企业的原股东（卖方），收购企业成为母公司，被收购企业成为子公司，又叫控股合并。
一般来说，被收购企业的股东（卖方）应确认股权转让所得或损失。收购方（买方）取得股权的计税基础应以公允价值为基础确定。被收购企业（标的）的相关所得税事项原则上保持不变。
1、卖方取得买方股权的计税基础，以被收购股权（标的）的原有计税基础确定。
2、买方取得被收购企业（标的）股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。
……简言之就是新股东持有新股应该用被收购股权的旧股东持有旧股的计税基础来确定。
非股权支付对应的资产转让所得或损失＝（被转让资产的公允价值－被转让资产的计税基础）×（非股权支付金额÷被转让资产的公允价值）
A企业为了收购B企业所持有的C企业100%股权（该股权计税基础3000万元），故决议A企业以持有的D企业30%的股权支付（该股权计税基础6000万元），同时A企业向B企业支付现金1000万元。基准日实收资本公允价值：C企业10000元，D企业30000元。
B企业卖了C企业的股权，要确认股权转让所得=收入-成本=10000-3000=7000万元；
A企业用D企业30%股权换股，要确认股权转让所得=收入-成本=9000-6000=3000万元；
B企业卖了C企业的股权，收到的非股权支付金额确认所得=现金*（C公允-C计税）/C公允=1000*（10000-3000）/10000=700万元，非股权支付部分增值700
2、找被收购股权原有计税基础：原股东B企业持有C时，C的计税基础是3000万。
3、收购方A企业支付的对价是股权和非股权，即持有的D企业30%的股权和现金1000万，非股权支付的比例是1000/10000=10%，非股权支付按一般性税务处理，股权支付按特殊性税务处理。可以看做收购方A企业以现金1000元收购B企业持有的10%C企业股权，以及以公允价值9000万元的D企业30%股权收购B企业持有的90%C企业股权两部分。
5、A企业取得C企业股权的计算基础计算：被收购股权原有计税基础确定=3000*90%+补价1000=3700万，或3000+700=3700万。